在日本農(nóng)林水產(chǎn)省的主頁上，包括林野廳和水產(chǎn)廳在內(nèi)，形形色色的補貼項目高達約470種，農(nóng)田保護和災(zāi)害防治、土地改良、基礎(chǔ)水利、森林病蟲害防治等一應(yīng)俱全，農(nóng)林牧漁各方面都得到了無微不至的補貼。補貼對象有涵蓋整個農(nóng)業(yè)的，也有幾種是對特定對象的專門補貼。
日本農(nóng)業(yè)補貼分為軟件補貼和硬件補貼，硬件補貼的對象包括機械、設(shè)施等，達到約400種，主要包括“建設(shè)強大農(nóng)業(yè)補助金”和“農(nóng)業(yè)、食品產(chǎn)業(yè)競爭力強化援助項目”等，而軟件補貼的對象則是協(xié)議會、推進會議、調(diào)查項目、實證項目等。
目前，日本務(wù)農(nóng)者平均年齡超過65歲。為了鼓勵年輕人務(wù)農(nóng)，農(nóng)林水產(chǎn)省2012年度創(chuàng)設(shè)了青年務(wù)農(nóng)補貼制度，通過補貼鼓勵青年人從事農(nóng)業(yè)，從2013年度開始，補貼對象擴大到漁業(yè)和林業(yè)的新勞力。沒有務(wù)農(nóng)知識的青年，可以到都道府縣承認資格的農(nóng)業(yè)學校以及先進農(nóng)戶和先進農(nóng)業(yè)法人等處進行培訓，最長可以2年時間，每年提供150萬日元(100日元約合5.13元人民幣)的補貼，務(wù)農(nóng)后則可以連續(xù)5年每年提供150萬日元。
除了國家提供的補貼外，地方政府也提供各種補貼，如島根縣從2012年度決定給45歲至64歲的新務(wù)農(nóng)者提供每年75萬日元的補貼，補充了國家要求45歲以下才提供補貼的制度，以促進建立務(wù)農(nóng)環(huán)境。
作為對農(nóng)業(yè)補貼的補充，保險制度也同樣是有力的手法。在農(nóng)業(yè)的巨災(zāi)保險方面，日本1947年制定了“農(nóng)業(yè)災(zāi)害補償制度”，是國家對于農(nóng)業(yè)災(zāi)害實施的公共保險制度，國家支付一半的保險金。
農(nóng)業(yè)災(zāi)害補償制度以農(nóng)民相互扶助為基礎(chǔ)，由農(nóng)業(yè)互助工會或者市町村運營，而國家補貼互助保險費、運營費，并進行再保險。
根據(jù)該制度，農(nóng)民繳納互助保險費，自然災(zāi)害發(fā)生后，根據(jù)受害程度支付互助金，也稱為“農(nóng)業(yè)互助事業(yè)”。農(nóng)業(yè)災(zāi)害補償制度的對象包括風災(zāi)、水災(zāi)、旱災(zāi)、寒潮、雪災(zāi)以及氣象原因?qū)е碌幕馂?zāi)、病蟲害和鳥獸害等，國庫原則上負責保險費的50%。發(fā)生災(zāi)害后，當收獲量比常年減少一定比例的時候，可以計算出減少的量，根據(jù)合同的補償單價計算出支付的互助金總額。
根據(jù)災(zāi)害不同，支付的互助金金額也有很大不同，1993年的寒潮時支付了5487億日元，2003年支付了1871億日元的互助金，為農(nóng)業(yè)的穩(wěn)定作出了貢獻。
