土壤有機(jī)質(zhì)含量降低土壤有機(jī)質(zhì)減少會(huì)引發(fā)一系列土壤問(wèn)題，土壤酸化和次生鹽堿化，土壤結(jié)構(gòu)破壞，土壤肥力低下，土傳病害加劇等。
土壤結(jié)構(gòu)破壞、板結(jié)嚴(yán)重由于土壤缺乏有機(jī)肥補(bǔ)充以及不合理的耕作和不合理的灌溉，化肥的大量施用，加劇了土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的破壞，致使土壤板結(jié)越來(lái)越嚴(yán)重，直接影響到土壤的自然活力和自我調(diào)節(jié)能力。
土壤趨于酸化土壤酸化主要是由于過(guò)量使用化學(xué)氮肥和生理酸性肥料，導(dǎo)致土壤中酸性物質(zhì)增加，使土壤酸化。土壤酸化會(huì)引起土壤養(yǎng)分流失，土壤有害重金屬活化，土壤有害微生物特別是寄生真菌增加，加速土壤貧瘠化和土傳病害發(fā)生。
土壤次生鹽堿化由于長(zhǎng)期過(guò)量使用化學(xué)肥料，使土壤中的鹽分不斷積累，硝酸鹽積累更甚，形成土壤表層次生鹽堿化。輕則影響種子發(fā)芽出苗，阻礙養(yǎng)分吸收，作物生長(zhǎng)不良，重則造成生理干旱，營(yíng)養(yǎng)吸收障礙，土壤結(jié)構(gòu)破壞，再甚者可導(dǎo)致鹽害、死亡。
土壤氮磷鉀元素營(yíng)養(yǎng)比例失調(diào)，中、微量元素嚴(yán)重缺乏在日常管理中絕大多數(shù)農(nóng)民不按比例施肥，往往只大量施氮磷肥，致鉀素匱乏，長(zhǎng)期不施中微量元素肥料，造成土壤中微量元素耗竭，土壤中大量氮磷鉀比例失調(diào)，大量元素與中微量元素之間的營(yíng)養(yǎng)比例失調(diào)。
農(nóng)田土壤污染過(guò)量使用化肥、農(nóng)藥、農(nóng)膜的殘留污染，未經(jīng)處理的有機(jī)肥污染，以及連作和病蟲害病原物污染，一旦超出土壤自凈化能力后就會(huì)“溢出”。這會(huì)造成土壤生態(tài)失衡，使土壤有益生物和有益微生物大量死亡，土壤生物種群減少，土壤理化生物性質(zhì)惡化，土壤活性下降、土壤功能變差，失去農(nóng)業(yè)利用價(jià)值。
農(nóng)作物連作造成的“土壤病”在土壤中連續(xù)種植一種或同科作物，由于該作物所需要的中微量營(yíng)養(yǎng)元素因連續(xù)被吸收而缺乏，也使相應(yīng)的某些病菌得以連年繁殖，在土壤中大量積累，還有前茬作物根系的分泌物因累積成為有毒物質(zhì)而形成病土。
土壤侵蝕耕地土壤侵蝕主要是農(nóng)民墾殖過(guò)度，很多山坡被墾做農(nóng)田。尤其是坡度大于15度以上的坡地，年復(fù)一年的耕作，水土流失極為嚴(yán)重。開(kāi)墾后沒(méi)有實(shí)施保護(hù)性耕作，如坡改梯、水平溝耕作、植物籬保護(hù)等，而是隨意挖地耕翻，既造成耕蝕，又加劇了風(fēng)蝕、水蝕。長(zhǎng)期的水土流失，必然導(dǎo)致土壤沙化，保水保肥能力降低。
設(shè)施農(nóng)業(yè)土壤綜合障礙病設(shè)施栽培是在全年封閉或季節(jié)封閉環(huán)境下，由于高度集約化、高復(fù)種指數(shù)、高肥料投入、高農(nóng)藥用量、高強(qiáng)度高頻度人為干擾，過(guò)量施肥、過(guò)量灌水、過(guò)度耕作與踐踏，土壤長(zhǎng)期處于高溫高濕狀態(tài)，在如此強(qiáng)烈的干擾和巨大壓力下，土壤健康急劇惡化。一般種植2~3年，就出現(xiàn)了土壤營(yíng)養(yǎng)失衡、土壤酸化、土壤次生鹽堿化、土壤有害物質(zhì)積累、土壤微生物種群多樣性和功能退化等一系列土壤病害。
